Подольск расположен на Москворецко-Окской равнине, в центре Восточно-Европейской равнины, на берегах реки Пахры (правый приток реки Москвы). Город находится к югу от столицы, в 36 км от центра Москвы и в 15 км от МКАД, на автомагистрали и Курском направлении Московской железной дороги.