Возник как посёлок в июне 1980 года в связи со строительством Башкирской АЭС, с 1991 года имеет статус города. В 1990 году под давлением зелёных строительство АЭС в Агидели было прекращено, в результате чего многие местные жители потеряли работу. 2 сентября 1993 года был принят Указ Президиума Верховного Совета Башкортостана № 6-2/408 «О мерах по стимулированию рабочих мест в городе Агидели», позволивший во многом обеспечить жизнеспособность города. Как заявил в конце 2011 года президент Башкортостана Рустэм Хамитов, в городе к 2014 г. планируется строительство многопрофильного индустриального парка. Проект включает реконструкцию речного порта и призван придать новый стимул развитию города.
