Расположен Ейск на северо-восточном окончании Ейского полуострова, у основания Ейской косы. Побережье города омывается с востока водами Ейского лимана (самого большого на Северном Кавказе, — площадь около 244 км?) и с запада — водами Таганрогского залива Азовского моря. В трёх километрах от окончания Ейской косы расположен одноимённый остров Ейская коса, внешне напоминающий атолл, то есть остров в форме кольца с защищенной лагуной внутри.